Radja Nainggolan adalah anak dari pasangan Marianus Nainggolan asal Indonesia dan Lizy Bogaerts yang berkebangsaan Belgia, dilahirkan di Antwerpen, Belgia pada 4 Mei 1988. Ayah dan ibunya berpisah saat Radja masih berumur 6 tahun. Selepas perpisahan ayah dan ibunya sepasang saudara perempuan kembar dan tiga sudara tirinya semuanya kini tinggal bersama ayahnya di pulau Bali.
